La comisión mixta se entiende como un instrumento destinado a evaluar las relaciones bilaterales en este ámbito. Las reuniones de la comisión tienen como objetivo priorizar las áreas para la cooperación científico-académica, presentar proyectos en desarrollo, activar negociaciones entre contrapartes en áreas como la formación técnico-profesional en Chile y promover el intercambio de investigadores con becas estatales. En 2011, se llevó a cabo una reunión de la Comisión Mixta en Berlín, y en el año 2014 tendrá lugar un próximo encuentro en Santiago.
Los participantes son representantes de instituciones gubernamentales y universidades chilenas, organizaciones científicas y académicas alemanas, encabezadas por altos funcionarios de los respectivos Ministerios de Educación.