En octubre de 2010 se firmó ante el Presidente Sebastián Piñera y la Canciller Angela Merkel el convenio para la instalación de Fraunhofer Chile Research - Center for Systems Biotechnology en Chile.
El centro, cofinanciado por la Corporación para la Reconstrucción y Fomento de Chile (CORFO), fue el primero de la Sociedad Fraunhofer en Chile y sirve como plataforma de innovación en la región en la agricultura, la acuicultura, la producción de alimentos, y en el futuro en el sector forestal, el sector de la energía, la industria minera y el mercado de la salud.
Sin embargo, la cooperación con Chile también contempló instalación de Fraunhofer Fokus, entidad que desarrolla soluciones para la infraestructura de comunicaciones segura, conveniente y eficiente del futuro. La Oficina de Innovación en Santiago aborda importantes desafíos regionales de la sociedad, incluyendo el acceso transparente a la información, el uso económico y sostenible de los recursos, la movilidad inteligente, la interoperabilidad y una administración moderna del gobierno.
Además, existe una representación del Centro para Tecnologías de Energía Solar (Fraunhofer CSET) que trabaja en proyectos de innovación para lograr la implementación a gran escala de la energía solar en los principales sectores industriales, comerciales y residenciales en Chile. Se trata del desarrollo de sistemas tecnológicos adaptados a las condiciones particulares en Chile, desde el laboratorio al mercado.
